2021/06,江端さんの技術メモ

あの医師がエンジニアに寄せた“なんちゃってコロナウイルスが人類を救う”お話世界を「数字」で回してみよう(65)番外編

で、江端の作成した図面(ボツ)と、シバタ先生に修正して頂いた図面(採用)が出てきたので、残しておきます。

キーワード: ファイバー mRNA COVID-19 アストロゼネカ アデノウイルスベクター スパイクタンパク質 ワクチン 強毒性 弱毒性 免疫反応 交代生成 ワクチン接種

2021/06,江端さんの技術メモ

Freemindの設定の仕方(誰か助けて下さい)

の問題が、どうしても解決できないので、(痛い出費ではありましたが)Mindmanagerを購入することにしました。

MindManagerがあれば、コラムや特許明細書や報告書の執筆が格段ラクになるので、私としては、悪くない出費だったと、自分に言い聞かせています。

暫く見ていない間に、MindManagerには、フローチャートが書ける機能が追加されており、これは、自称「王禅寺の特許明細書製造マシン」としては、拾いモノだったと思っています。

ところが、MindManagerを使っているうちに、キーバインドが上手く使えないことに気がつきました。

マインドマップは、思考速度で作成できなければ、ウマみがありません。いちいちマウスなんぞ使っていたらお話になりません。

特に、トピックの移動がキーボードでサクサクできなければ、お話になりません。

MindManagerのキーボードマップ表を読んでいる限りできるようにも思えるのですが、私は、HHKB(Happy Hacking Keyboard)の愛用者で、自宅で使っているキーボードは、米国赴任前(2000年前)に購入したものですが、まだ、現役で動いています。

このHHKBとのキーボードマップがなかなか曲者で随分苦労しました。で、本日、この問題(の一部)を片づけましたので、ご報告致します。

まず、初期状態として、以下のトピックが表示されているものとします。

最初は、"図3"のトピックを一番上に移動させる処理を行います。

一番上へ移動 Ctrl + Alt + Home

結果

次に、初期状態から、"図1"のトピックを一番下に移動させる処理を行います。

一番下へ移動 Ctrl + Alt + End

ところが、「一つだけ上」「一つだけ下」への移動が上手く動かない

1 つ上げる Ctrl + Alt + ↑
1 つ下げる Ctrl + Alt + ↓

というか、ディスプレイ画面全体が反転して、エラいことになってしまいました。

調べてみたら、DELLの画面用のホットキーが起動してしまっていることが分かりましたので、このホットキーを無効にすることにしました。

こうしてホットキーを無効にしたら、以下のように動くことを確認した。

1 つ上げる Ctrl + Alt + ↑

1 つ下げる Ctrl + Alt + ↓

これで、Mingmanager + HHKB で 快適な作業ができるようになると思います。

以上

2021/06,江端さんの技術メモ

江端様 執筆記事 PV(ページビュー)まとめ

に記載があるように、EE Times Japanに記載して頂いているリンク先が、全て変わることになりました(数年の間は、リダイレクトされるらしいので、今すぐどうこうという訳ではないようですが)

当然ですが、私の日記やらその他のコンテンツは、EE Times Japanの記事へのリンクが、(誇張ではなく)山ほどあります。特に、kobore.netの日記には、膨大な数のリンクがあり、この対応を行わなければなりません。

で、kobore.netにFFFTPでアクセスしてみたら、こんな感じになっていて、

その中の一つ"/2010"に入ってみたら、こんな感じになっていました。

で、調べた結果、td2という拡張子のファイルが、日記の本体みたいでしたので、その中身をエディタで開いて eetimes.jp → eetimes.itmedia.co.jp に一斉変更してみました。

ところが、困ったことに、日記の方を見ても、リンク先が変更されません。

これは直感的に『キャッシュ』だな、と思ったので、ちょっと探してみたら

があったので、その中にあった、"202001.parser"というのを消去(怖かったので、念の為リネーム)してみました。

その上で、再度、日記にアクセスしたら、リンク先が、eetimes.jp → eetimes.itmedia.co.jp に変更されおり、新たに"202001.parser"が作られていることが確認できました。

さて、後は、eetimes.jp → eetimes.itmedia.co.jp に変換するシェルプログラムを書いて、parserファイルを消去すれば解決できるはずです。

で、ググってみたところ、以下のコマンドで変更できるようです。

% grep -l 'eetimes.jp' ./*.td2 | xargs sed -i.bak -e 's/eetimes.jp/eetimes.itmedia.co.jp/g'

実行結果は、こんな感じ。

もとファイルは、念の為、.bakで残しておきました。

あとキャッシュ(/home/kobore/www/diary/data/cache)から .parseファイルの削除も忘れないように。

以上

2021/06,江端さんの技術メモ

私の日記をご覧頂いている"ガジェット好きのY"さんから、メールを頂きました。
非常に有用な(特に、プライベートに使える高速計算機を欲し続けている私にとっては)情報であると思いましたので、ご本人のご許諾を頂いて、メールの(ほぼ)全文を公開させて頂きます。

江端様

日記やitmediaで執筆なされた記事をいつも楽しく拝見しております。
都内の中小企業で情シスとして働いております、"ガジェット好きのY"と申します。

江端様の2021年6月13日の日記を読み、まだご検討されてないようであれば、一度お調べいただければと思い、メールした次第でございます。
「ゲーミングマシン」を検討されていたようなので、複雑な構造力学系の計算には、GPUが必要ではないかと推測しましてのご提案となります。
構造力学系の計算を行うソフトウェアがGPUではなく、CPUが効くようであれば以降の文章は役に立ちませんので無視していただいて結構です。

ノートPCに適合する場合が多いのですが、GPUを外付け出来るeGPUを検討されてはいかがでしょうか。

『eGPU』とは、External Graphics Processing Unitの略で、外付けのグラフィックプロセッサーのこと

  • WindowsとMacの両方で利用可能。
  • 接続インターフェースはThunderbolt 3。

イメージといたしましては、ノートPCに小型デスクトップぐらいのサイズのeGPUを専用ケーブルで接続し、その内部で処理から映像出力まで行い、高負荷な3Dゲームや映像編集をするためのモノとなります。

<参考URL>
https://www2.razer.com/jp-jp/gaming-systems/razer-core-x

自宅にeGPUを置いて、外では軽快なノートPCとして利用、自宅に戻ればeGPUと接続し複雑な構造力学系の計算を行う。
金に糸目をつけないのであれば、大学にもeGPUを置いて、家と大学でパワフルな計算を行えるのではないかと考えました。

ご検討の余地があれば、私がゲーム等で利用しているノートPCとeGPUの構成や金額をお伝えできますので、その旨ご返信頂けますと幸いです。
お伝えできる構成といたしましては、あくまでもゲームに効くGPUであるNVIDIAのGeForce系となり、3DCAD等に適しているQuadro系ではございませんのでご承知おきください。
もちろん私に確認せずとも、ネットで検索いただければ大体の金額や構成が判明すると思います。

お子様がご利用になられるとのことですので、上記構成等に拒絶反応を示されるようであれば、やはり無視していただければと存じます。

以上、どうぞよろしくお願いいたします。

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"ガジェット好きのY"様

情報を御提供頂き、誠にありがとうございます。「GPUを外付け出来るeGPU」につきましては、次女の方での必要性は、もう1年後くらいになると思いますが、実は私の方が興味があります

NVIDIAのGPUというキーワードから、以前購入した「CUDA高速GPUプログラミング入門」を本箱から引っ張り出してきております。
私は、数万から数百万のオブジェクトを使った交通シミュレーションの研究もしておりまして、高速計算の手段があれば、自腹を切って購入できるマインドを持っております。
http://www.iaiai.org/journals/index.php/IEE/article/view/449/213
(正直、会社がリモートで提供するGPUなんぞ、申請の手間暇を考えると面倒くさいので手が出していません)。

> ご検討の余地があれば、私がゲーム等で利用しているノートPCとeGPUの構成や金額をお伝えできますので、その旨ご返信頂けますと幸いです

是非お願い致します。購入や使用実績があるデータは、とても役に立ちますので、大変助かります。
テキストベースで、品名(品番)と価格をお知らせ頂ければ幸いと存じます。

お手数をおかけいたしますが、何卒よろしくお願い申し上げます。

江端智一

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江端様

ご返信ありがとうございます。

まず先に、私のeGPU込みのゲーム環境をお伝えいたします。

<eGPUと周辺>
1) eGPU本体:Razer Core X 39,359円(現在 40,088円)
https://www.biccamera.com/bc/item/5301846/

2) GPU:玄人志向 GK-RTX3080Ti-E12GB/WHITE 213,400円(現在 237,110円)
https://www.biccamera.com/bc/item/9323182/?utm_source=/Vv6e0WKODg&utm_medium=affiliate
※添付画像は1)に2)を取り付け、カバーを外した状態となりま

3) ケーブル:Thunderbolt 4 ケーブル 5,999円(現在 5,999円)
https://www.amazon.co.jp/gp/product/B084Z65YJQ/ref=ppx_yo_dt_b_asin_title_o02_s00?ie=UTF8&psc=1

<ノートPC>
4) ノートPC本体:ONE-NETBOOK ONEGX1PJR-B10 195,800円(現在 195,800円)
https://www.yodobashi.com/product/100000001005966269/

<番外編>
5) 4Kモニター 現在はノートPC→eGPU→4kモニターとつないで、3Dゲームをしております

6) MacBookPro 過去はMacBookPro→eGPU(中のGPUはAMD製)とつないで、動画編集等してました

構成と購入店はほとんど上記のとおりですが、2)だけ、売り切れていたので予約注文可能そうなお店を載せました。
GPU(グラボ)はコロナによる生産数低下からくる半導体不足と、マイナーや転売ヤーによる買い荒らしが発生しており、品不足で高騰中と言われております。
私は正直高いと思いましたが、今買わないと手に入るのが遠のくと考え、決死の覚悟で買いました。
CUDAプログラミングであればNVIDIA製のGPUのみとなりますが、ご購入される際は、まずは在庫探しと、その額で納得できるか考えることとなるかと存じます。
とは言うものの、揃えたら安くない金額で、想定した動作をしないとなると大きな損害ですので、リモート接続等や、何らかのお試し利用は協力できると思いますので、おっしゃってください。

<ご参考>
上位モデル
RTX3090(CUDAコア数10,496) 現在 295,000円(価格.com調べ最安値)(20200924当時は最安値約200,000円)
RTX3080ti(CUDAコア数10,240) 現在
205,700円(価格.com調べ最安値)(20210603発売)(RTX3080tiが私が購入したものと同じモデルです
RTX3080(CUDAコア数8,704) 現在 179,299円(価格.com調べ最安値)(20200917当時は最安値約96,300円)
RTX3070ti(CUDAコア数6,144) 現在  99,800円(価格.com調べ最安値)(20210610発売)
RTX3070(CUDAコア数5,888) 現在 118,800円(価格.com調べ最安値)(20201029当時は最安値約68,300円)
RTX3060ti(CUDAコア数4,864) 現在 185,332円(価格.com調べ一軒のみ)(20201202当時は最安値約54,500円)
RTX3060(CUDAコア数3,584) 現在  79,200円(価格.com調べ最安値)(20210225当時は最安値約58,000円)
RTX2060(CUDAコア数1,920) 現在  57,800円(価格.com調べ一軒のみ)
GTX1660SUPER(CUDAコア数1,408) 現在  55,479円(価格.com調べ最安値)
下位モデル

発売当初に3080、3070、3060tiあたりを買えた人が勝ち組だと思います。
今後はマイニングに対するハッシュレート制限版の各モデルが販売されますが、どれも現在の価格に合わせた値付けになるらしく、過去の定価で買える日はやってこないかもしれません。

<ご参考2>
eGPUとPCをつなぐThunderbolt3について

デスクトップPCでThunderbolt3ポートがついていることはほぼありません。(34機種価格.com調べ)
また、追加できる拡張ボードもほぼありません。(特定メーカー専用のため、ほとんどのPCで適用しません)
ThunderboltポートがついているノートPCは豊富にあります。(1011機種価格.com調べ)
USB-C3.2等と同じコネクタ形状ですが、USB-C3.2等とeGPUを接続してもGPUを利用できません。
USB3系はダメですがUSB4はeGPUと接続可能です。(私のノートPCは、Thunderbolt3ではなくてUSB4搭載となります)(USB4=Thunderbolt3らしいです)
Thunderbolt4も搭載機種が発売され始めており、おそらくThunderbolt3と4は互換性があると思いますが、eGPUは試せておりません。
eGPUの制約(?)で短いケーブルじゃないと伝送速度が保てないとかで、PCとeGPUの接続ケーブルが30センチぐらいで取り回ししづらいため、
カンで上位の(Thunderbolt4)ケーブルで使えると考え試したところ、2メートルケーブルでも無事認識しました。
GPUを直接挿入できるデスクトップPCと、ノートPC+eGPU構成では、ベンチマーク結果がデスクトップに比べ2割程度低くなります。

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"ガジェット好きのY"様

詳細なスペックの御説明をありがとうございました。大変参考になりました。

少なくとも、今後次女がノートPCを変更する場合には、(eGPUの使用するかどうかは後回しにして)、ThunderboltポートがついているノートPCを選ぶようにしたいと思います。

私の方は、これから、デスクトップにGPUを外付けする検討を開始します。
私は、ゲームが苦手で(簡単に負けるから)ですが、GPUをシミュレーション計算に回せる方の努力と熱意であれば、発揮できそうな気がしています。

可能かどうか分かりませんが、Dockerのコンテナにつっこんだシミュレーションの速度を10倍にできれば、相当な作業効率が見込めます(今の私は、コンテナからGPUにアクセスできるのかすら、全く知らない状態ですが)。

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("ガジェット好きのY"様からの追加情報)
<ご参考>
Thunderbolt対応のPCについてノートPCでは、INTEL製のCPUが入っているものしか、Thunderboltに対応しておりません。(Macを除く、格.com調べ)
デスクトップでは、ほぼ存在しないThunderbolt付きの内さらに少数だけ、AMD製CPUが入ったThunderbolt付PCもあるようです。(価格.com調べ)
Thunderboltは(ほぼ)INTELと思ったほうが良いかと存じます。(Thunderbolt規格はINTELとAppleが共同開発したようです)
(冒頭でおすすめと言いつつ、高性能なCPUにあこがれて手に入れた、AMD製CPUの入ったThunderbolt抜きのノートPCも所持しております。CPUに貴賎なしということでお願いいたします)

<ご参考2>
Thunderbolt接続ではないeGPUについて

こちらは私も情報収集中で、まだ実施する段階にはございませんが、他の接続方法もあることの情報連携となります。
最近デスクトップPCにも搭載されている「M.2」スロットに、そこに長いケーブルと、その先のPCIEスロットにGPUを差し、別途PC用電源を用意して利用するといった構成となります。
この場合は、気軽に抜き差し出来ませんので、外付けのお手軽感はだいぶ失われるかと存じます。
Youtubeで「M.2 EGPU」と検索すると多数の参考動画がヒットすると思われます

いつかやってみたいなと思っております。

2021/06,江端さんの技術メモ

ひさびさにラズパイにログインして、こんなメッセージが表示されていたら、

Welcome to Ubuntu 16.04.7 LTS (GNU/Linux 4.4.38-v7+ armv7l)

* Documentation: https://help.ubuntu.com
* Management: https://landscape.canonical.com
* Support: https://ubuntu.com/advantage

999 updates can be applied immediately.
To see these additional updates run: apt list --upgradable

New release '18.04.5 LTS' available.
Run 'do-release-upgrade' to upgrade to it.

『ふむ、じゃあ、アップグレードしてみようかね』って思うじゃないですか?

で、私から6時間も作業時間を奪った挙句に、

The upgrade has aborted. The upgrade needs a total of 2,827 M free space on disk '/'. Please free at least an additional 39.8 M of disk space on '/'. Empty your trash and remove temporary packages of former installations using 'sudo apt-get clean'. The upgrade has aborted. The upgrade needs a total of 49.5 M free space on disk '/boot'. Please free at least an additional 4,309 k of disk space on '/boot'. You can remove old kernels using 'sudo apt autoremove' and you could also set COMPRESS=xz in /etc/initramfs-tools/initramfs.conf to reduce the size of your initramfs.

って、メッセージを出すのは、ちょっと酷くない? って思うんですよね。
(一応、上記の指示は、全部やってみたよ、勿論)

『そんな潤沢なリソース持っとらんわ!』と捨て台詞を吐いて、今週末を終えました。