2021/03,江端さんの技術メモ

「ドメイン "sea-anemone.tech "のLet's Encrypt証明書期限切れのお知らせ」というのがメールで届きました。
一通りメールを読んだのだけど、詰るところ「作り直せ」ということかな、理解して、以前書いたメモ通りを実施して、関係のあるディレクトリに片っぱしからバラまくことにました 。
に記載されたことを、唯唯諾諾と実施しました。
―― 自動化シェルスクリプトなどというシャレたものを"作らない"ことが寛容だ、ということを、私は知っています。
Let's Encrypt certificate expiration notice for domain "sea-anemone.tech"


ドメイン "sea-anemone.tech "のLet's Encrypt証明書期限切れのお知らせ。


Hello,


こんにちは。


Your certificate (or certificates) for the names listed below will expire in 19 days (on 29 Mar 21 23:38 +0000). Please make sure to renew your certificate before then, or visitors to your web site will encounter errors.


以下の名前に対するあなたの証明書（または複数の証明書）は、19日後（29 Mar 21 23:38 +0000）に期限切れとなります。それまでに証明書を更新しないと、あなたのウェブサイトにアクセスした際にエラーが発生します。


We recommend renewing certificates automatically when they have a third of their total lifetime left. For Let's Encrypt's current 90-day certificates, that means renewing 30 days before expiration. See https://letsencrypt.org/docs/integration-guide/ for details.


私たちは、証明書の有効期間の3分の1が経過した時点で、証明書を自動的に更新することをお勧めします。現在のLet's Encryptの90日証明書の場合、期限切れの30日前に更新することになります。詳細は https://letsencrypt.org/docs/integration-guide/ をご覧ください。


sea-anemone.tech


For any questions or support, please visit: https://community.letsencrypt.org/ Unfortunately, we can't provide support by email.


ご質問やサポートについては、次のサイトをご覧ください： https://community.letsencrypt.org/ 残念ながら、電子メールによるサポートは行っておりません。


For details about when we send these emails, please visit: https://letsencrypt.org/docs/expiration-emails/ In particular, note that this reminder email is still sent if you've obtained a slightly different certificate by adding or removing names. If you've replaced this certificate with a newer one that covers more or fewer names than the list above, you may be able to ignore this message.


特に、名前を追加または削除してわずかに異なる証明書を取得した場合にも、このリマインダーメールが送信されますのでご注意ください。この証明書を、上記のリストよりも名前の数が多かったり少なかったりする新しい証明書に差し替えた場合は、このメッセージを無視することができるかもしれません。


If you are receiving this email in error, unsubscribe at:


誤ってこのメールを受信している場合は、以下の方法で配信を停止してください。


  http://delivery.letsencrypt.org/track/unsub.php?u=30850198&id=f76fe707fe6142509a23d40dde02c153.3i5yYrnKlNWIWqOs%2Fn8YMBMPOVU%3D&r=https%3A%2F%2Fmandrillapp.com%2Funsub%3Fmd_email%3Dt%252A%252A%252A%252A%2540g%252A%252A%252A%252A.%252A%252A%252A




Please note that this would also unsubscribe you from other Let's Encrypt service notices, including expiration reminders for any other certificates.


これにより、他の証明書の期限切れのお知らせなど、Let's Encryptの他のサービスのお知らせも配信停止となりますので、ご注意ください。




Regards,
The Let's Encrypt Team


Let's Encryptチーム

2021/03,江端さんの技術メモ

C++でJSONを扱わなければならなくなりました。

blog.livedoor.jp/tek_nishi/archives/10216517.html

に、

JSON for Modern C++ を紹介するよ！
ブログに書いた書いたと思い込んでてまったく触れてなかった...
このJSON読み書きライブラリは他のライブラリに依存しておらず、json.hppをインクルードするだけというお手軽さながら、JSONオブジェクトをめっちゃ気楽に扱えるようにしてくれます。

なん・・だと・・。インクルードするだけ・・ 採用決定！！

となりました。

で、早速、

$ git clone https://github.com/nlohmann/json.git

をして、

// g++ test_json.cpp -o test_json -I json/include/
// g++ test_json.cpp -o test_json -I json/include/

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <nlohmann/json.hpp>  
#include <iostream>

int main(int argc, char **argv){

  using json = nlohmann::json;

  json j;

  j["pi"] = 3.141;
  j["happy"] = true;
  j["name"] = "Niels";
  j["nothing"] = nullptr;
  j["answer"]["everything"] = 42;

  j["list"] = { 1, 0, 2 };         // [1,0,2]
  j["object"] = { {"currency", "USD"}, {"value", 42.99} };  // {"currentcy": "USD", "value": 42.99} 

  std::cout << j << std::endl;  // cout

  return 0;
}

をした後、

>g++ test_json.cpp -o test_json -I c:/Users/Ebata/json/include  (git cloneが展開された場所にjson/includeというディレクトリができているので、そこをダイレクトに指示する)

を行い、./test_json を実施したら、

さくっと動きました。

では、次にこのJSONをUDP通信で飛ばしてみます。

ゲストOSがLinuxのDockerコンテナの中から、ホストOSにデータを放り出す為に使ったUDPプログラム

この↑のプログラムを前提とします

■C++送信プログラム (キモは、std::string jj = j.dump(); です)

// g++ test_send_json.cpp -o test_send_json -I C:/Users/Ebata/json/include/ -lwsock32 -lws2_32 (Windows版)

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <nlohmann/json.hpp>  
#include <iostream>
#include "simple_udp_win.h" // https://wp.kobore.net/江端さんの技術メモ/post-1959/
//#include "simple_udp.h"

//simple_udp udp0("0.0.0.0",12345); // これはWindowでは動かない
//simple_udp udp0("192.168.0.8",12345); // これは使わない方がいい
simple_udp udp0("127.0.0.1",12345); // ホストOSのUDPの受信側

int main(int argc, char **argv){

  using json = nlohmann::json;

  json j;

  j["pi"] = 3.141;
  j["happy"] = true;
  j["name"] = "Niels";
  j["nothing"] = nullptr;
  j["answer"]["everything"] = 42;

  j["list"] = { 1, 0, 2 };         // [1,0,2]
  j["object"] = { {"currency", "USD"}, {"value", 42.99} };  // {"currentcy": "USD", "value": 42.99} 

  std::cout << j << std::endl;  // cout

  std::string jj = j.dump(); // これが重要(これを見つけるのに時間がかかった)

  udp0.udp_send(jj);

  return 0;
}

■C++受信プログラム (キモは、json j = json::parse(rdata); です)

// g++ test_recv_json.cpp -o test_recv_json -I C:/Users/Ebata/json/include/ -lwsock32 -lws2_32

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <nlohmann/json.hpp>  
#include <iostream>
#include "simple_udp_win.h" // https://wp.kobore.net/江端さんの技術メモ/post-1959/
//#include "simple_udp.h"

//simple_udp udp0("0.0.0.0",12345);  // これはWindowsでは動かない
//simple_udp udp0("192.168.0.8",12345); // これは使わない方がいい
simple_udp udp0("127.0.0.1",12345); // これを使うのが無難


int main(int argc, char **argv){
  
  using json = nlohmann::json;

  json j;
  
  udp0.udp_bind();
  while (1){
    std::string rdata=udp0.udp_recv();

    j = json::parse(rdata); // これが重要(これを見つけるのに時間がかかった)
    // j = json::parse(rdata.c_str()); これでも動くようだが

    std::cout << j << std::endl;  // cout
   
  }
  return 0;
}

さて、そろそろ詰めに入ろうか。

■GOのJSONのUDP受信プログラム(上記の「C++送信プログラム」と対向で動くもの)

// test_recv_json.go
// go run test_recv_json.go
// golangによるjsonのudp受信"だけ"するプログラム

package main

import (
	"encoding/json"
	"fmt"
	"net"
)

type Message struct {  // とりあえず3つ
	Pi    float64 `json:"pi"`
	Happy bool    `json:"happy"`
	Name  string  `json:"name"`
}

func main() {
	addr, _ := net.ResolveUDPAddr("udp", "127.0.0.1:12345")
	sock, _ := net.ListenUDP("udp", addr)

	var j Message

	i := 0
	for {
		i++
		buf := make([]byte, 1024)
		rlen, _, err := sock.ReadFromUDP(buf)
		if err != nil {
			fmt.Println(err)
		}
		str := string(buf[0:rlen])
		fmt.Println(str)

		// 受信したメッセージをJSON形式に格納する
		json.Unmarshal(buf[0:rlen], &j)

		// JSONに格納したデータを見る
		fmt.Println(j)

		fmt.Println(j.Pi)
		fmt.Println(j.Happy)
		fmt.Println(j.Name)

	}
}

■GOのJSONのUDP送信プログラム(上記の「C++受信プログラム」と対向で動くもの)

// test_send_json.go
// go run test_send_json.go
// golangによるjsonのudp送信"だけ"するプログラム

package main

import (
	"encoding/json"
	"fmt"
	"log"
	"net"
)

type Message struct { // とりあえず3つ
	Pi    float64 `json:"pi"`
	Happy bool    `json:"happy"`
	Name  string  `json:"name"`
}

func main() {

	addr, err := net.ResolveUDPAddr("udp", "127.0.0.1:12345")
	if err != nil {
		log.Fatal(err)
	}

	conn, _ := net.DialUDP("udp", nil, addr)

	if err != nil {
		log.Fatal(err)
	}

	var j Message
	j.Pi = 3.1415
	j.Happy = false
	j.Name = "Ebata"

	s, _ := json.Marshal(j)

	n, err := conn.Write(s) // WriteToUDPを使ってはならない
	fmt.Printf("dial send: bytes=%d to=%s\n", n, addr.String())

}

 

以上

2021/03,江端さんの技術メモ

これが出ると、流石にパニックになる。

なんどリスタートしても状況が改善されないことがある。

コンピュータの再起動もやったし、

を繰り返したりした。

しかし状況が改善されない。

そして、世界には、「これ」に関する情報がほとんどない。

現状、Dockerなしでの仕事は考えられないので、かなり青ざめた。

ところが、これが意味不明に「突然直る」ことがある

ということで、私から私への提案であるが、

何か別の仕事をしながら、時々、"Restart Docker" を試してみる

を、提案する(エンジニアとしては、かなり腹立たしい対応であることは分かっているが)

焦って再インストールしたり、

https://github.com/docker/for-win/issues/7677 に記載されているような

I have made the following steps and was able to start docker successfully:
1)run "cmd" with administrator rights
2) type Regedit and enter
3)In registry editor find this folder Computer\HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Policies\Microsoft\FVE
4)inside this folder you can find "FDVDenyWriteAccess" this rule click on it choose modify and replace value data 1 with 0 , then restart docker and wait for it.

のような方法は、少なくとも1日待って、駄目だったら、試すくらいの気持ちでいよう。

合言葉は、

Docker Desktop for Windows は馬鹿

で、行こう。

========

続編

Docker Desktop for Windowsのメモリ管理やら、面倒なことを弄って、そして、論文やら報告書やらで、1月近く放っておいたら、全く動かなくなった。こいつは、構ってやらないと動かなくなるらしいです。

このアイコンの帆の部分が出なくなって、「docker desktop is runnning」の状態のまま続いて、もうウンともスンとも言わないらしいです。

ここのところ、Windows10を軽量化する為に、色々カルトな設定をしていたので、その中の一つが、Dockerのご機嫌を損ねた可能性があります

Hyper-V 周りがあやしい、と思って、管理者モードで立ち上げた、PowerShellから、

Enable-WindowsOptionalFeature -Online -FeatureName Microsoft-Hyper-V -All

なんぞを打ち来んで、待つこと10分。

無事終って再起動したのだけど、全く改善がありません。

ずっとこんな感じ。

『再インストールするしかないのかな』と暗い気持ちになっているところに、この記事を見付けました。

macでdocker desktopが起動しないときのシンプルな対処方法

要するに、

対処方法「Reset to factory defaults」の実行

というのをやればいいらしいようです。色々失うものがありそうですが、(間違いなく、Dockerのイメージは消えるだろうが)、この際『かまわん』と腹をくくって、Windows10でのやり方を試みました。

からSetttingで、てんとうむしみたいなアイコンをクリックします。

すると、「Reset to factory defaults」というのがあるので、これを押下します。

まあ、結果的に、これでdocker for Windowsは動き出すようです(前述のHyper-Vとかも関係あるかもしれません)。

ただ、

ディスクスペースを開けるのに"docker system prune"は便利だが、濫用しないこと。docker-compose buildが再び上手く動くという保障はないぞ

みたいに、何もかも「真っ白」になるので、その覚悟はして下さい。

まあ、「Dockerを再インストールするよりはいいよね」というくらいに追い込まれた時の最後の手段として使って下さい。

========

パソコンを立ち上げ直すたびに、"Reset to factory defaults"をしないと動かないので、Dockerを再インストールしましたが、状況が改善されません。

ほとほと困っていますが、Docker  Imageを毎回作り直している訳にもいきません。

で、この問題を解決する手段として、経験的に分かったことを書き下します。

(1)Docker Desktopはまともに起動するのに、PC起動後10分程度かかる(ような)気がします。

(2)もし「エントツの出てこないクジラ」のアイコンが出てきて手が打てないような状況になっていれば、[タスクマネージャ]→[詳細]→Docker Desktop.exe、その他 Dockerと名前のついているのを全部殺す。

(3)メニューから、手動で、"Docker Desktop"を起動する。

これで動き出すことがあるようです。もう、「良い悪い」といっている場合ではないので、私は、Docker desktopの自動起動のオプションを外して、手動で立ち上げることにしました。なお、手動で立ち上げても、上記の対応が必要となることがあります。

まあ、何かの拍子に直ることを期待しましょう。

 

 

 

 

2021/03,江端さんの技術メモ

GO 1.5 と C++ を SWIG でブリッジさせる方法

を試してみたのですが、私は上手く動かすことができませんでした。

で、こんな風にしてみたら動いたので、記録を残しておきます。

ebata@DESKTOP-P6KREM0 MINGW64 ~/kese/swig
$ tree
.
├── main1.go
└── sc1
    ├── nop.go
    ├── sc1.h
    └── sc1.swigcxx

1 directory, 4 files
// main1.go

package main

import (
	"fmt"

	"./sc1"
)

func Dump(p interface{}) {
	fmt.Printf("%v:%T\n", p, p)
}

func main() {
	Dump(sc1.EchoIntN(8))
	Dump(sc1.EchoDoubleN(9))
}

でもって、nop.go

package sc1

sc1.h

#pragma once 

inline  int
EchoIntN( int p ) {
    return p;
}

inline  double
EchoDoubleN( double p ) {
    return p;
}

sc1.swigcxx

%module sc1
%{
#include    "sc1.h"
%}

%include    "sc1.h"

ちなみに、sc1.hのインラインをやめて、sc1.hとsc1.cに分けて実施したら、こうなった

$ go build main1.go
# _/C_/Users/ebata/kese/swig2/sc1
C:/msys64/mingw64/bin/../lib/gcc/x86_64-w64-mingw32/10.2.0/../../../../x86_64-w6
4-mingw32/bin/ld.exe: $WORK\b002\_x004.o:/tmp/go-build/sc1_wrap.cxx:279: undefin
ed reference to `EchoIntN(int)'
C:/msys64/mingw64/bin/../lib/gcc/x86_64-w64-mingw32/10.2.0/../../../../x86_64-w6
4-mingw32/bin/ld.exe: $WORK\b002\_x004.o:/tmp/go-build/sc1_wrap.cxx:292: undefin
ed reference to `EchoDoubleN(double)'
collect2.exe: error: ld returned 1 exit status

ずいぶん悩んだが、もしかしたらと思い、sc1.c → sc1.cpp   にリネームしたら、あっさり通った

sc1.hは以下の通り

#pragma once 

int EchoIntN(int);

double EchoDoubleN(double);

sc1.cppは以下の通り

//#pragma once
#include "sc1.h"

int EchoIntN( int p ) {
    return p;
}

double EchoDoubleN( double p ) {
    return p;
}

以上

 

 

 

 

2021/03,江端さんの技術メモ

シミュレータの対象人数が増えると、シミュレータがフリーズしてしまう、という問題が生じたので、まずは、手っ取り早く、Dockerコンテナのメモリとスワップを倍にしてみる処理をしてみた。

起動開始までの時間が恐ろしく長い(5分以上。なんでだ？)が、とりあえず、シミュレーション人数500人(実行時間4分弱)→3000人(22分)→4000人(16分？ なんで減っている)→での稼動を確認。

しかし、5000人は失敗、4500人も失敗。では、メモリをもう2G増量。

そこで、6GBまで上げてみた。

うん、こうしても、4500人は落ちるなぁ。

websocketコネクション数の問題かなぁ？

それより、多分、これは私のPCの物理メモリが16GBしかないので、Dockerの設定を大きくしても効果が出てこないのだろう、と推測しています。

ならば、逆に6GBで設定してしたままにしておいて、コンテナの方でメモリ制限するというのは、どうかな、と思いやってみました。

以下、docker-compose.ymlで改造した部分。今回は、controlのコンテナだけメモリ増量できれば良い(それ以外のコンテナは1GBで縛る)、という方針としました。

# docker-compose のバージョン
version: '3'
# 各コンテナの情報
services:
  # postgres サービス
  postgres:
    image:  pamtrak06/postgis-pgrouting-osm:latest
    # コンテナの名前
    # container_name: postgres_db
    # Dockerfile のディレクトリパス
    build:
      context: .
      dockerfile: ./docker/postgres/Dockerfile
    # postgres 設定
    environment:
      - POSTGRES_HOST_AUTH_METHOD=trust
      - POSTGRES_USER=postgres
      - POSTGRES_PASSWORD=XXXXXXX
      - POSTGRES_DB=XXXXXX
    volumes:
      - db_data
      - ./control:/go/src/work # マウントディレクトリ指定
    expose:
      - 5432 # 兄弟コンテナから5432でアクセスできるようにする
    ports:
      - "8910-8911:5432"
    tty: true # コンテナの起動永続化
    mem_limit: 1g # メモリを1Gに制限
  db_data:
    image: busybox
    volumes:
      - /data/db
    mem_limit: 1g # メモリを1Gに制限
  app_control: # service名
    build: . # ビルドに使用するDockerfileがあるディレクトリ指定
    tty: true # コンテナの起動永続化
    volumes:
      - ./control:/go/src/work # マウントディレクトリ指定
    expose:
      - 8900
    ports:
      - "8900-8901:8900"
    image: control_agent
    # container_name: control_agent_app
    # restart: always  # ログイン時に自動起動
    # ここだけメモリの制限をしない
  app_user: # service名
    build: . # ビルドに使用するDockerfileがあるディレクトリ指定
    tty: true # コンテナの起動永続化
    volumes:
      - ./user:/go/src/work # マウントディレクトリ指定
    expose:
      - 8920
    ports:
      - "8920-8921:8920"
    image: user_agent
    # container_name: user_agent_app
    # restart: always  # ログイン時に自動起動
    mem_limit: 1g # メモリを1Gに制限
  app_bus: # service名
    build: . # ビルドに使用するDockerfileがあるディレクトリ指定
    tty: true # コンテナの起動永続化
    volumes:
      - ./bus:/go/src/work # マウントディレクトリ指定
    expose:
      - 8930
    ports:
      - "8930-8931:8930"
    image: bus_agent
    # container_name: bus_agent_app
    # restart: always  # ログイン時に自動起動
    mem_limit: 1g # メモリを1Gに制限

 

5000人は失敗したけど、4500人まで増やすことに成功しました。

それと、controlコンテナのスピードが物凄く上がっているような気がします(比較計測できませんが)。

 

 

 

 

2021/03,2021/03,江端さんの忘備録

E: Unable to fetch some archives, maybe run apt-get update or try with --fix-missing?

がでてきたら、

とりあえず、

sudo apt-get update

sudo apt-get install

だな。

 

2021/02,江端さんの技術メモ

今回のコラム「あの医師がエンジニアに寄せた“なんちゃってコロナウイルスが人類を救う”お話」で、使わなかった図面。

でも、今後、「素材として使える」かもしれないので、忘れないようにアップしておく。

ファイル名は「ワクチン_ボツ図面.pptx」で、いつものところに置いておくので、忘れないように > 私

 

2021/02,江端さんの技術メモ

2021/02,江端さんの技術メモ

(注)以下の情報は、「轢断のシバタ」先生から御提供頂いた情報です。

■SARS-CoV-2（武漢由来のオリジナルの新型コロナ）の全ゲノム情報です(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1798174254)

■スパイクタンパク質の形です（https://numon.pdbj.org/mom/246?l=ja）

■こちらはSARS-CoV-2のゲノムの解説です。この中のGene Sがスパイクタンパク、もしくはサーフェイスタンパクと呼ばれる物です。（https://plaza.umin.ac.jp/~OIO/blog/2020/05/23/full-genome-sequence-of-sars-cov-2/）

■下記が、S protein(spike protein, surface protein)のDNA配列とされる全長です。

atgtttgtttttcttgttttattgccactagtctctagtcagtgtgttaatcttacaaccagaactcaattaccccctgcatacactaattctttcacacgtggtgtttattaccctgacaaagttttcagatcctcagttttacattcaactcaggacttgttcttacctttcttttccaatgttacttggttccatgctatacatgtctctgggaccaatggtactaagaggtttgataaccctgtcctaccatttaatgatggtgtttattttgcttccactgagaagtctaacataataagaggctggatttttggtactactttagattcgaagacccagtccctacttattgttaataacgctactaatgttgttattaaagtctgtgaatttcaattttgtaatgatccatttttgggtgtttattaccacaaaaacaacaaaagttggatggaaagtgagttcagagtttattctagtgcgaataattgcacttttgaatatgtctctcagccttttcttatggaccttgaaggaaaacagggtaatttcaaaaatcttagggaatttgtgtttaagaatattgatggttattttaaaatatattctaagcacacgcctattaatttagtgcgtgatctccctcagggtttttcggctttagaaccattggtagatttgccaataggtattaacatcactaggtttcaaactttacttgctttacatagaagttatttgactcctggtgattcttcttcaggttggacagctggtgctgcagcttattatgtgggttatcttcaacctaggacttttctattaaaatataatgaaaatggaaccattacagatgctgtagactgtgcacttgaccctctctcagaaacaaagtgtacgttgaaatccttcactgtagaaaaaggaatctatcaaacttctaactttagagtccaaccaacagaatctattgttagatttcctaatattacaaacttgtgcccttttggtgaagtttttaacgccaccagatttgcatctgtttatgcttggaacaggaagagaatcagcaactgtgttgctgattattctgtcctatataattccgcatcattttccacttttaagtgttatggagtgtctcctactaaattaaatgatctctgctttactaatgtctatgcagattcatttgtaattagaggtgatgaagtcagacaaatcgctccagggcaaactggaaagattgctgattataattataaattaccagatgattttacaggctgcgttatagcttggaattctaacaatcttgattctaaggttggtggtaattataattacctgtatagattgtttaggaagtctaatctcaaaccttttgagagagatatttcaactgaaatctatcaggccggtagcacaccttgtaatggtgttgaaggttttaattgttactttcctttacaatcatatggtttccaacccactaatggtgttggttaccaaccatacagagtagtagtactttcttttgaacttctacatgcaccagcaactgtttgtggacctaaaaagtctactaatttggttaaaaacaaatgtgtcaatttcaacttcaatggtttaacaggcacaggtgttcttactgagtctaacaaaaagtttctgcctttccaacaatttggcagagacattgctgacactactgatgctgtccgtgatccacagacacttgagattcttgacattacaccatgttcttttggtggtgtcagtgttataacaccaggaacaaatacttctaaccaggttgctgttctttatcaggatgttaactgcacagaagtccctgttgctattcatgcagatcaacttactcctacttggcgtgtttattctacaggttctaatgtttttcaaacacgtgcaggctgtttaataggggctgaacatgtcaacaactcatatgagtgtgacatacccattggtgcaggtatatgcgctagttatcagactcagactaattctcctcggcgggcacgtagtgtagctagtcaatccatcattgcctacactatgtcacttggtgcagaaaattcagttgcttactctaataactctattgccatacccacaaattttactattagtgttaccacagaaattctaccagtgtctatgaccaagacatcagtagattgtacaatgtacatttgtggtgattcaactgaatgcagcaatcttttgttgcaatatggcagtttttgtacacaattaaaccgtgctttaactggaatagctgttgaacaagacaaaaacacccaagaagtttttgcacaagtcaaacaaatttacaaaacaccaccaattaaagattttggtggttttaatttttcacaaatattaccagatccatcaaaaccaagcaagaggtcatttattgaagatctacttttcaacaaagtgacacttgcagatgctggcttcatcaaacaatatggtgattgccttggtgatattgctgctagagacctcatttgtgcacaaaagtttaacggccttactgttttgccacctttgctcacagatgaaatgattgctcaatacacttctgcactgttagcgggtacaatcacttctggttggacctttggtgcaggtgctgcattacaaataccatttgctatgcaaatggcttataggtttaatggtattggagttacacagaatgttctctatgagaaccaaaaattgattgccaaccaatttaatagtgctattggcaaaattcaagactcactttcttccacagcaagtgcacttggaaaacttcaagatgtggtcaaccaaaatgcacaagctttaaacacgcttgttaaacaacttagctccaattttggtgcaatttcaagtgttttaaatgatatcctttcacgtcttgacaaagttgaggctgaagtgcaaattgataggttgatcacaggcagacttcaaagtttgcagacatatgtgactcaacaattaattagagctgcagaaatcagagcttctgctaatcttgctgctactaaaatgtcagagtgtgtacttggacaatcaaaaagagttgatttttgtggaaagggctatcatcttatgtccttccctcagtcagcacctcatggtgtagtcttcttgcatgtgacttatgtccctgcacaagaaaagaacttcacaactgctcctgccatttgtcatgatggaaaagcacactttcctcgtgaaggtgtctttgtttcaaatggcacacactggtttgtaacacaaaggaatttttatgaaccacaaatcattactacagacaacacatttgtgtctggtaactgtgatgttgtaataggaattgtcaacaacacagtttatgatcctttgcaacctgaattagactcattcaaggaggagttagataaatattttaagaatcatacatcaccagatgttgatttaggtgacatctctggcattaatgcttcagttgtaaacattcaaaaagaaattgaccgcctcaatgaggttgccaagaatttaaatgaatctctcatcgatctccaagaacttggaaagtatgagcagtatataaaatggccatggtacatttggctaggttttatagctggcttgattgccatagtaatggtgacaattatgctttgctgtatgaccagttgctgtagttgtctcaagggctgttgttcttgtggatcctgctgcaaatttgatgaagacgactctgagccagtgctcaaaggagtcaaattacattacacataa

上記のDNA配列をアミノ酸配列に翻訳すると下記のMFVFから始まる配列が得られます。それ用のソフトウェアや専用のホームページなど一瞬で変換されます。

この配列から立体構造を専門のソフトでシミュレーションした結果に得られた前述の画像などが、皆さんがニュースで見たことのあるスパイクタンパク質の絵です。

皆さんの身体にmRNAワクチンまたはウイルスベクターワクチンが投与されると、体内で下記のアミノ酸配列（＝SARS-CoV-2のスパイクタンパク）の全部or一部が合成されます。

これに免疫系が反応して抗体が作られることになります。

MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT

2021/02,江端さんの技術メモ

 

 

■2点間の距離の算出

 

float ST_Distance(geometry g1, geometry g2);

float ST_Distance(geography gg1, geography gg2);

 

============

139.46383010 35.6078055 と 139.48004430 35.58936550 の距離を求めろ

============

 

SELECT ST_Distance('SRID=4326;POINT(139.46383010 35.6078055)'::GEOGRAPHY,'SRID=4326;POINT(139.48004430 35.58936550)'::GEOGRAPHY);

 

st_distance

---------------

2518.87992511 (単位はメートル)

(1 行)

 

 

SELECT ST_Distance(ST_Transform(ST_GeomFromText('POINT(139.46383010 35.6078055)',4326),26986),ST_Transform(ST_GeomFromText('POINT(139.48004430 35.58936550)',4326),26986));

 

st_distance

-----------------

2534.9890933572 (単位はメートル)

(1 行)

 

============

点(139.46507, 35.59577)と source 608 の距離を求めろ

============

 

SELECT ST_Distance('SRID=4326;POINT(139.46507 35.59577)'::GEOGRAPHY, the_geom) from ways where source = 608;

 

st_distance

-------------

48.64958043 (単位はメートル)

(1 行)

 

 

■点と線の最短距離の算出

 

===================

点(139.46383010 35.6078055) と

線(139.47364070 35.59500190),(139.47500790 35.59561250),(139.47618950 35.59667510) の # 3点は繋がっている

最短距離を求めろ

===================

 

SELECT ST_Distance('SRID=4326;POINT(139.46383010 35.6078055)'::GEOGRAPHY,'SRID=4326;LINESTRING(139.47364070 35.59500190,139.47500790 35.59561250, 139.47618950 35.59667510)'::GEOGRAPHY);

 

st_distance

---------------

1667.13188667 (単位はメートル)

(1 行)

■任意の座標に近いノードを1つ抽出

SELECT source, x1 as longitude, y1 as latitude, ST_Distance('SRID=4326;POINT(139.78468208 35.64553503)'::GEOGRAPHY, the_geom) as dist FROM ways ORDER BY dist limit 1;
;
source | longitude | latitude | dist
--------+-------------+------------+-------------
742 | 139.7831864 | 35.6469072 | 20.44846388
(1 row)

 

■任意の座標に近いノードを抽出

 

boolean ST_DWithin(geometry g1, geometry g2, double precision distance_of_srid);

boolean ST_DWithin(geography gg1, geography gg2, double precision distance_meters);

 

===============

点(139.47500790 35.59561250)から半径300メートル以内の全部のノードを、近い順に出せ

===============

 

SELECT source, x1 as longitude, y1 as latitude, ST_Distance('SRID=4326;POINT(139.47500790 35.59561250)'::GEOGRAPHY, the_geom) as dist FROM ways WHERE ST_DWithin(the_geom, ST_GeographyFromText('SRID=4326;POINT(139.47500790 35.59561250)'), 300.0) ORDER BY dist;

 

 

source | longitude | latitude | dist

--------+-------------+------------+--------------

277 | 139.4742202 | 35.5952626 | 0

342 | 139.4737614 | 35.5960846 | 0

554 | 139.4750079 | 35.5956125 | 0

554 | 139.4750079 | 35.5956125 | 0

465 | 139.4756076 | 35.5956018 | 54.35238655

465 | 139.4756076 | 35.5956018 | 54.35883189

148 | 139.4753681 | 35.5942035 | 62.47683957

488 | 139.4755625 | 35.595278 | 62.47683957

277 | 139.4742202 | 35.5952626 | 78.20859781

309 | 139.4758617 | 35.5957534 | 78.9363046

309 | 139.4758617 | 35.5957534 | 78.9363046

163 | 139.4736407 | 35.5950019 | 81.2567669

597 | 139.4728928 | 35.5961536 | 81.2567669

406 | 139.4760808 | 35.5958841 | 101.79071989

211 | 139.4761077 | 35.5959027 | 104.73755527

580 | 139.4761706 | 35.5959419 | 111.52418485

201 | 139.4762056 | 35.5959637 | 115.32014973

(単位はメートル)